El Colegio Luis Amigó fue fundado a finales de 1988 por iniciativa del padre capuchino Juan Bautista Tudela, con el propósito de brindar oportunidades educativas a los jóvenes de San Andrés que no tenían acceso a otros colegios. Su creación fue aprobada por el Padre Provincial Alfonso Miranda Medina y contó con el apoyo de la Parroquia San Judas Tadeo, los religiosos capuchinos y las autoridades educativas de la época. En enero de 1989, el Hermano Próspero Arciniega asumió la rectoría e inició las labores académicas con un modelo de educación personalizada, inspirado en la Pedagogía Amigoniana y el Desarrollo Humano, formando personas íntegras, fraternas y trascendentes.